En el inicio de la Federación estaba presente la Academia Médico Homeopática de Barcelona, una de las instituciones que más contribuyó a llevar adelante esta idea federativa. Hay que tener en cuenta que en aquel momento también era la asociación con más antigüedad y con mayor experiencia en todos los sentidos, el resto eran asociaciones más jóvenes, con menor número de participantes y con menos historia.
La primera Junta Directiva de la Federación estaba compuesta por los doctores Enrique González Peirona como presidente, Inmaculada González-Carbajal García, como secretaria y Samuel Pastor como tesorero. Además de la Junta Directiva, la FEMH tiene un órgano gestor que es el Comité Federal integrado por un representante de cada una de las asociaciones.
La Federación está representada en el Comité Europeo de Homeopatía por el Dr. Isidre Lara y forma parte de la Liga Medico Homeopática Internacional.
Los objetivos fundamentales de la FEMH son promover el estudio de la homeopatía, publicar libros de interés general para el mundo homeopático, ofrecer medios para la formación de los médicos homeópatas y llevar a cabo las gestiones necesarias para regularizar la práctica de esta medicina.
En 1994 hubo cambios en la Junta Directiva y asumió la presidencia el Dr. Valentín Romero Bonilla. Podemos decir que durante su mandato se produjeron varios hechos importantes para la consolidación de esta institución. En 1995 la FEMH consiguió introducir la enseñanza de la homeopatía en el ámbito universitario en la forma de un Máster de Homeopatía en la Universidad de Sevilla que se mantuvo de manera ininterrumpida hasta 2007. Se organizaron Jornadas de homeopatía a nivel nacional cada dos años. En 2004 se iniciaron las conversaciones con las otras dos asociaciones nacionales, Academia Médico Homeopática de Barcelona y Sociedad Española de Medicina Homeopática, para hacer un trabajo conjunto, promover la homeopatía en todos los ámbitos y defenderla ante las instituciones oficiales.
En el año 2006 se celebró el II Congreso Nacional de Homeopatía en Tenerife organizado por las dos asociaciones canarias, y promovido por la FEMH. Hay que señalar que el Primer Congreso Nacional tuvo lugar en Madrid en 1929, desde entonces el devenir de la homeopatía en nuestro país no permitió la organización de ningún otro congreso. A partir de Tenerife se celebra el Congreso Nacional de Homeopatía cada dos años. También en el marco del II Congreso se creó la Asamblea Nacional de Homeopatía que aglutina junto a la FEMH a las dos asociaciones mencionadas y a otros representantes nacionales.
Dicha Asamblea también está trabajando para conseguir un lugar de prestigio y relevancia para esta terapéutica.
Desde el inicio la Federación publicó la Revista Española de Homeopatía que se mantuvo de manera ininterrumpida (1992 – 2008) hasta el acuerdo con la AMHB y la SEMH para editar la Revista Médica de Homeopatía , publicada por la editorial médica Elsevier y que es el órgano de expresión conjunto de las tres asociaciones.
Esta Federación ha publicado también varios libros para facilitar a sus asociados algunos textos homeopáticos fundamentales.
Desde 2006 la nueva Junta Directiva de la Federación está formada por la Dra. Inmaculada González-Carbajal García (presidenta) el Dr. Juan Martín-Ballesteros (secretario) la Dra. María Jesús González Larrañeta (tesorera) y el Dr. Isidre Lara Llobet (Asuntos Exteriores). En 2011 las funciones de secretario las ha asumido el Dr. Francisco Bautista Sosa.
