Entre las actividades desarrolladas por la FEMH destacan:
a) La coordinación rápida y ágil entre las diferentes Asociaciones que la integran, con el fin de establecer criterios uniformes atenientes al conjunto de las relaciones que habrán de mantenerse con la sociedad española, y particularmente con los poderes públicos, en cuanto que pudieran incidir o repercutir en los intereses de la Medicina Homeopática y en los de los médicos asociados que la ejerzan.
b) La representación del conjunto de las Asociaciones que la componen ante la sociedad española y los poderes públicos.
c) El estimular y fomentar la enseñanza y aprendizaje, investigación, desarrollo y difusión, de la Medicina Homeopática Unicista, según el método desarrollado por el Dr. Samuel Christian Hahnemann.